این واحد نظارت بر مدارس دینی داخل کشور، رساندن کمک ها و اعانات معظم له به این مدارس، ارزیابی کیفیت مدارس و پیشرفت علمی طلاب و برگزاری امتحانات از طلاب را به عهده دارد.
امتحان پذیرش طلاب واجد شرایط همه ساله در حوزه های علمیه کابل و مزار شریف برگزار میگردد و در حوزه علمیه قم در طول سال چندین بار به مناسبت اعیاد از طلاب واجد شرایط امتحان گرفته میشود.