و فی هذا االظرف الراهن استطاع جمع من العلماء و منهم سماحة الشیخ المحقق الکابلی الخروج مهاجرین إلی خارج البلد و بدأوابتشکیل جیوب المقاومة المسلحة الجهادیة ضد النظام العلمانی الجدید فی البلاد. وکانت هجرة سماحة الشیخ المحقق بتأریخ: شهر 12/ 1357  (1976 المیلادی) بعدما أخبروه بأن السلطة الحاکمة تنوی اعتقاله؟ فبادر سماحته بالخروج عن طریق مدینة قندهار إلی باکستان المجاورة للبلد مجتازین حدود إسپین بُلدَک الإفغانیة المتاخمة لحدود جمن الباکستانیة.

عندما دخل سماحته الأراضی الباکستانیة و استقر فى مدینة کویتا هرع الزعماء الجهادیة الأفغانیة المقیمة هناک إلی الإلتفاف حوله وبدأوا بالمشاورات الجهادیة لإتخاذ القرارات اللازمة تجاه النظام فی البلاد،  وکانت الأحزاب الجهادیة کل واحد منها یلتمس من سماحته البقاء معها للقیادة الجهادیة لکنه رفض ذلک و قد قرّر الذهاب إلی الجمهوریة الإسلامیة الإیرانیة؟ لأنه لم یمض وقت کثیر حتی استقرّت الحکومة الإسلامیة الناجمة عن ثورة إسلامیة بقیادة الإمام روح الله الموسوی الخمینی(قدس سرّه)، فان اختیار هذا البلد المجاور کان موقعاً مناسباً للبقاء و النشاطات السیاسیة و الجهادیة و فی نفس الوقت بدأت قوافل المهاجرین الأفغانیة تتجه إلی إیران ثم یلتقون مع سماحته هناک للتشاور و اتخاذ القررات المناسب للذود عن العقیدة الإسلامیة و لتحریر أرض الوطن عن براتن الظلم و الطغیان، إضافة علی ذلک کانت فی إیران أحزاب جهادیة شیعیة مستقرة و کل منها تأمل حضور شخصیة دینیة مثل المحقق الکابلی دام ظله و الإنضمام معها للقیادة الصحیحة و مواصلة الجهاد فی سبیل الله ضد الزمرة الفاسقة المرتزقة فی البلاد.

جدیر بالذکر أن سماحته فترة بقائه فی کویتا الباکستانیة لم یغفل عن التحرکات الجهادیة و الآمال التی تطوف فی أذهان المهاجرین الأفغانیین فی باکستان لأجل الوطن فقام سماحته و بتعاون مع بعض المناضلین الجهادیین بتأسیس: سازمان دفاع ازحریم اسلامی. أی: منظمة الدفاع الإسلامی. و کانت هذه المنظمة نشیطة فی استقطاب کوادر جهادیة إلی أن تم القرار للسفر إلی إیران.